В серпні 2001 р. Президія Ради профспілки затвердила положення про Прапор профспілки:

„Затвердити Прапором профспілки прапор, що являє собою прямокутне полотнище синього кольору, із співвідношенням ширини прапору до його довжини 2:3.

На Прапорі розмістити емблему профспілки і надпис „Профспілка залізничників і транспортних будівельників України"